First report of the presence of four species of Scylla (Brachyura: Portunidae) in Indonesian coastal regions using DNA-based identification
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- Authors:
-
AMIN Muhammad Hilman Fu'adil,
SOEGIANTO Agoes,
YULIANTO Bambang
- Keywords:
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coi;
indonesia;
dna barcoding;
mud crabs;
coastal biodiversity
- Abstract:
- This study focused on the phylogenetics and species identification of Scylla specimens collected from several coasts of Indonesia. Seventeen specimens of mud crabs were collected from six different locations on four different islands: Java, Sulawesi, Ambon, and Papua. For phylogenetic analysis, we used maximum likelihood (ML) tree construction, pairwise Kimura 2-Parameter (K2P) sequence divergence comparison, and curated sequences from all Scylla members in Genbank. DNA sequences were used to generate a haplotype network for this study. COI sequence lengths in 17 samples varied from 629 to 701 bp, and a 519 bp length homologous nucleotide alignment was selected for further investigation, presenting 110 segregating sites. The ML tree structure was similar to tree topology from previous investigations. Ten haplotypes were formed through a network of haplotypes between COI sequences. With 17 crab specimens, our research revealed for the first time that the four geographic species of the genus Scylla occupy the coastal waters of the Indonesian archipelago.
- Résumé :
- Premier signalement sur la présence de quatre espèces de Scylla (Brachyura : Portunidae) dans les régions côtières indonésiennes à l'aide d'une identification basée sur l'ADN. Cette étude porte sur l'analyse phylogénétique et l'identification moléculaire de spécimens de crabes du genre Scylla collectés sur plusieurs côtes de l'Indonésie. Dix-sept crabes de vase ont été récoltés dans six endroits différents sur quatre îles différentes : Java, Sulawesi, Ambon et Papua. Pour l'analyse phylogénétique, nous avons construit un arbre de maximum de vraisemblance (ML), comparé la divergence par paires de séquences avec le modèle Kimura 2 paramètres (K2P), et validé les séquences de toutes les espèces de Scylla dans Genbank. Les séquences d'ADN ont été utilisées pour générer un réseau d'haplotypes à l'échelle de l'Indonésie. La longueur des séquences COI dans 17 spécimens variait de 629 à 701 pb, et un alignement d'une longueur de 519 nucléotides homologues a été généré pour un examen plus approfondi des relations phylogénétiques sur 110 sites variables. La topologie de l'arbre ML était similaire à celle des arbres obtenus précédemment. Un réseau d'haplotypes a été établi à partir des dix haplotypes trouvés. En comparant nos 17 spécimens de crabes avec la base de données, notre recherche a révélé pour la première fois que les quatre espèces géographiques du genre Scylla sont présentes dans les eaux côtières de l'archipel indonésien.
